В 1991 году при поддержке мера Москвы Юрия Лужкова главный дирижер Московского академического музыкального театра имени К. С. Станиславского и Вл. И. Немировича-Данченко Евгений Колобов основывает театр «Новая опера». Он становится первым художественным руководителем и дирижером созданного театра, а на должность главного хормейстера театра назначили его жену Наталью Попович.
Е. Колобов решил добиться известности при помощи малоизвестных в России оперных партитур, он ставит «Марию Стюарт» (Доницетти), «Двое Фоскари» (Верди), «Валли» (Каталани).
В 2003 году Евгений Колобов умирает, и в театре начинается кризис. В 2006 году пришел новый режиссер Эри Клас, который начал ставить спектакли с комическим оттенком - «Любовный напиток» Доницетти, «Волшебная флейта» Моцарта. В 2006 году театр получает имя своего основателя Е. Колобова.
В репертуаре театра - “Волшебная флейта” В.А. Моцарта, «Борис Годунов» М.П. Мусоргского, «Демон» А.Г. Рубинштейна, «Евгений Онегин» П.И. Чайковского и многие другие. Театралы отмечают тенденцию театра ставить на сцене ранее очень популярные, а сейчас не востребованные в России оперы.