Музей был основан усилиями Комиссарова Виктора Ивановича и Демидовой Лидии Васильевны. Открытие состоялось 17 июня 2002 года, церемония сопровождалась освещением. Музей располагается на территории архитектурного ансамбля 15-17 веков «Крутицкое подворье».
Его уникальность заключается в особой системе работы. Посетители могут не просто узнать об истории паломничества, Святых местах, но и приложиться к Святыням, привезенным из разных городов, монастырей и со Святой Земли. Вниманию предлагаются: масло, освященное на мощах целителя Пантелеймона; четки св. Силуана Афонского; книги, гравюры, хромолитографии, фотографии, письма 19-20 веков, предметы быта, костюмы, иконы, евлогии, документы о паломничестве.
Экскурсоводы предлагают попробовать сухарики из чугунка Серафима Саровского.
Всего в наличии более 2 тысяч экспонатов. Методика проведения экскурсий получила название «живой музей». Музей путешествий и паломничества по Святым местам является единственным подобным заведением и не имеет аналогов не только в России, но и во всем мире.