Медицинский музей был создан в 1991 году. Он занимает здание на Сухаревской площади, принадлежавшее ранее графу Н.П. Шереметьеву, и является наиболее крупным общедоступным медицинским музеем столицы. Музей имеет статус НИЦ при РАМН, в составе которого работает несколько подразделений. Музейные фонды насчитывают порядка 100 тысяч единиц хранения, в числе которых редчайшие медицинские инструменты. В центре несколько постоянно действующих экспозиций, такие как «Отделения клинической медицины», «Отделения профилактической медицины» и другие. Несколько залов посвящены деятельности НИИ Российской академии медицинских наук. Кроме того, созданы мемориальные комнаты таких выдающихся представителей отечественной медицины, как И.В. Давыдовский, С.П. Боткин, С.С. Юдин, А.Д. Сперанский.
Музей продолжает развиваться, планируется, что новые экспозиции будут включать образцы последних медицинских технологий и достижений в области здравоохранения. Медицинский музей входит в число членов Европейской ассоциации музеев истории медицины.