Москву благодаря системе каналов называют портом пяти морей. Однако водный транспорт выполняет скорее экскурсионно-рекреационные функции, нежели, чем пассажирскую функцию. От Северного и Южного причалов ходят круизные суда дальних линий. В центре и в некоторых районах курсируют прогулочные катера. Общее количество причалов в Москве, на которых останавливаются прогулочные катера - около 20. Пассажирская навигация длится с начала апреля по середину октября, а грузовая – немного дольше. От Северного порта в Москве отправляются круизные суда, соединяющие ее с Санкт-Петербургом, Астраханью, Ростовом-на-Дону и другими городами Поволжья. С Южного порта Москвы отправляются только двухпалубные теплоходы в Рязань, Константиново, а также по Оке через Нижний Новгород и Волгу на Северный порт .

С наступлением весны в мегаполисе оживает самое романтичное средство передвижения горожан – речные трамвайчики. Как приятно совершить неспешный «городской круиз» с причала в Москве и без пробок полюбоваться цветущей столицей или прокатиться на теплоходе, на пикник. С борта открывается неповторимый вид на величественный Московский Кремль с его архитектурными ансамблями, на Новодевичий и Новоспасский монастыри, на Храм Христа Спасителя, на легендарные московские высотки. Путешествуя по Москве-реке, можно увидеть интереснейшие пейзажи и неожиданные ракурсы привычного мегаполиса. Поэтому теплоходы - это идеальное перевозимое средство для передвижения экскурсионных групп.

Основной линией является "Новоспасский мост – Киевский вокзал". Кроме того, экскурсионные судна курсируют еще по нескольким направлениям в центре столицы, и ветка из музея-заповедника "Коломенское". Существует также проезд к зоне отдыха Троице-Лыково к северо-западному причалу Москвы.

Вот уже несколько лет планируется организация в городе регулярных маршрутов речного такси, однако они пока не реализованы. Грузовые перевозки осуществляются через Северный, Южный и Западный порты в Москве.