Постановлением правительства Советского Союза в 1934 году в честь 50-тилетия научной и педагогической практики В.Р. Вильямса был основан почвенно-агрономический музей.
С 1938 по 1954 годы при участии самого деятеля проходило строительство музейного здания.
За это время ученики Вильямса, совместно с преподавателем, собрали множество экспонатов: образцы горных пород, монолитов, генетических горизонтов, гербарии.
Главные цели выставок музея – дать представление о генезисе, географии, плодородии почв, об их классификации и использовании. В первую очередь, экспозиция рассчитана на помощь в образовании и проведении лекций, семинаров, встреч с учеными, практических занятий для студентов и специалистов сельскохозяйственных отделений. Особый интерес представляет информация о покровах различных регионов России и стран ближнего и дальнего зарубежья.
В 1974 году по материалам выставок был издан «Атлас почв СССР». В настоящее время музей признан самым крупным в своей категории на территории России и приобрел мировую известность.