Уже на первых этапах возникновения Храма Христа Спасителя в Москве был поднят вопрос о создании при нем музея с целью сохранения и донесения до широкой общественности его исторических реликвий.
В апреле 1996 года Музей истории Москвы обзавелся филиалом - Музей Храма Христа Спасителя. Весной 1997 года прошла первая выставка, посвященная истории Храма. На основе ее материалов и создалась впоследствии основная экспозиция музея.
Официальное открытие выставочных залов состоялось в день празднования православной Пасхи 19 апреля 1998 года. Музей сделал огромный шаг для сближения духовной и общественной сторон российских граждан. До настоящего момента экспозиция является уникальной, единственной расположенной на территории действующего храма.
На экскурсиях проходят повествования о процессе создания, значении Храма для Российского Государства, о его роли в военные годы, о православном искусстве современности и прошлых лет. Отдельный раздел посвящен разрушениям и реконструкциям Храма в разные временные периоды. Большинство экспонатов посвящено возведению Храма Христа Спасителя в качестве памятника победы в Отечественной войне 1812 года.
В залах регулярно организуются тематические и персональные выставки. Много внимания уделено работам Филиппа Москвитина, изображавшему Патриархов Московских и Всероссийских, Исповедников и Новомученников России. Подъем на смотровую площадку Храма позволяет прочувствовать все величие сооружения и посмотреть на просторы Златоглавой Москвы.