Открытие музея «Ниеншанц» состоялось в 2003 году. Это первый и единственный музей в мире, который полностью посвящен истории города Санкт-Петербурга. Открытие музея было приурочено к знаменательной дате 300-летию существования Санкт-Петербурга.
Основной объем материала, собранного в музее, представляет собой предметы, найденные во время археологических раскопок, которые ведутся с 1992 года. Благодаря тому, что раскопки продолжаются до настоящего времени, экспозиции музея регулярно пополняются новыми материалами.
Экспонаты музея отражают историю развития Санкт-Петербурга, начинающуюся в средние века и до настоящего времени. Здесь представлены материалы, рассказывающие о королях и полководцах, а также об их победах и поражениях в войнах, которые имеют непосредственное отношение к образованию и развитию города. Многие мелкие предметы, представленные в музее, отражают быт и культуру людей, живших много лет назад на территории Санкт-Петербурга.
Кроме постоянно представленных экспозиций, в музее «Ниеншанц» регулярно организуются временные выставки, посвященные историческим событиям и археологии.